１細胞解析技術講習会資料（中戸研究室）¶

本資料について¶

本資料は 新学術「細胞ダイバース」１細胞解析技術講習会（2019年10月開催） 用資料として作成したものを改良したものです。本資料を読むことで、1細胞（RNA-seq）解析に必要な知識や基本的な実践方法を学ぶことができます。
受講者として、シングルセル解析初心者・初級者である生命系の学生および研究者を想定しています。
著作権の問題により、公開しているものは資料の一部のみとなります。完全版はパスワード付き公開となっていますので、閲覧希望の方は中戸までご連絡ください。
本資料は Rstudio, Jupyter notebook, Google Colaboratory というサービスを用いて執筆されています。
使用するプログラミング言語はR, Pythonです。まれにLinuxシェル上での作業が含まれることもあります。

News¶

2024/2/6: 資料Ver 1.7: Scanpyの内容をアップデート、Anndataを追加しました。
2023/10/1: 資料Ver 1.6: scVeloの内容をアップデートしました。
2021/4/28: 資料Ver 1.5: Scanpy, Velocytoを修正,追加。scVeloを追加。Monocle3を非公開ページに移動。
2021/3/15: 資料Ver 1.4: 更に改定。 一般公開しました。
2020/5/26: 資料Ver 1.3: 全面的に改定。 Rを使った解析の一部を Rmarkdownに移行しました。
2019/12/28: 資料Ver 1.2: Dockerコンテナをnotebookと名付けて起動する方法で説明していましたが、「次に起動したらエラーになるのですが」という質問が大変多かったので、”–rm” オプションでコンテナを毎回削除するやり方に変更しました。
2019/10/23: 資料Ver 1.1: 技術講習会でのフィードバックを元にアップデートしました。
2019/9/25: 資料Ver 1.0 公開

資料もくじ¶

はじめに¶

Seurat (Rstudio)¶

ここではSeuratを題材に、Rstudioの使い方と基本的なscRNA-seq解析のワークフロー、注意点について解説します。

Scanpy (Google Colab, Jupyter)¶

こちらの項目は Scanpy Tutorial の内容を原著者の許諾のもとに翻訳・公開したものです。

Velocyto (Jupyter)¶

こちらの項目は velocyto.py で公開されているnotebookを原著者の許諾のもとに翻訳・公開したものです。

scVelo (Jupyter)¶

こちらの項目は scVelo Tutorial の内容を原著者の許諾のもとに翻訳・公開したものです。

利用について¶

本資料の著作権は中戸に帰属します。
本資料にはクリエイティブコモンズの「CC BY-NC（表示 - 非営利）」ライセンスが適用されます。
本資料は個人で学習する目的で自由に利用可能です。企業内での講習など、商用利用は認められていません。
本資料を用いた講義・講習会を実施されたい場合は、個別に許諾を得ていただく必要があります。

問い合わせ先¶

本資料に記載されている内容や、Dockerイメージについての質問、不具合の報告については中戸 <rnakato AT iqb.u-tokyo.ac.jp> までお知らせください。
本資料に掲載されているツールの利用法の詳細、チュートリアルの記載内容、起きたエラーについての質問は、それぞれの開発元に問い合わせてください。