1. Seurat Introduction (Rstudio)¶
Seuratのチュートリアルで基本となる “Guided tutorial” を使って解析します。 シングルセルデータの品質評価（QC）、クラスタリングが含まれます。
ここではRstudioを用います。Seurat, SleepWalkを用いますので、未インストールの場合は以下のコマンドでインストールしてください。
(2019/12/12追記：Seuratのインストールに必要なmulttestがCRANから削除されてしまったようなので、暫定ですが、以下のように修正しました。)
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("multtest")
install.packages("Seurat")
install.packages("sleepwalk")
1.1. Rstudio Projectの作成¶
Rstudio起動後、以下の赤枠で囲われた”Project (None)”をクリックし、”New Project”を選択します。 “New Directory” -> “New Project” を選択し、データを保存しておきたいフォルダを新規作成します（どこでも構いません）。以後、作成されたProjectを起動すれば、自動的に指定した作業フォルダに移動し、それまでの作業履歴を確認できる状態になります。ここでは”Seurat”という名前のProjectを作成します。
作成後、”Project (None)” が “Seurat” に代わっていれば成功です。
1.2. シングルセルデータのダウンロード¶
サンプルデータとして、10Xで生産された Peripheral Blood Mononuclear Cells (PBMC) 2,700細胞を用います。以下のURLからダウンロード後、解凍してください。
解凍後生成された “filtered_gene_bc_matrices” ディレクトリを、Projectのディレクトリに置けば準備完了です。